バイオインフォマティクス, プログラミング, 研究

CRISPR-Cas9で遺伝子の破壊は容易にできるようになりました。シロイヌナズナの遺伝子を破壊する場合、形質転換をして最初に得られた種子(T1)世代では相同染色体のそれぞれに起きた変異が異なる状態(biallelic)になっているこ ...

ニュース

2021年中部大学祭の研究発表展に応用生物化学科の紹介動画を作成しました。他の先生とともに出演したのでぜひご覧ください。私の出番は5分10秒過ぎからです。

注意: 研究発表となっていますが、当研究室では犬のゲノムは解析していませ ...

コンピュータ活用

たくさん撮った写真のサムネイルをHTMLで作ります。特定の画像管理ソフトを使わないので、自由にレイアウトして説明を加えることができます。

ImageMagickをインストールWindows Subsystem for Linux ...

R, バイオインフォマティクス

遺伝子のエキソン、イントロン構造をRを使って書く方法です。

バイオインフォマティクス

TrinityはRNA-Seqのリードをアセンブルして、cDNAの配列をつくります。

リファレンス

Grabherr MG, Haas BJ, Yassour M, Levin JZ, Thompson DA, Amit I ...

コンピュータ活用

プラグインをいれる

WordPressのプラグインを検索するとありとあらゆるものがあります。それを自分のWordPressにいれて有効化すると様々な機能を追加することができます。

zipファイルをダウンロードする

WORD P ...

コンピュータ活用

バイオインフォマティクスにしろデータサイエンスにしろ、Linuxを使えるようになることが必須です。

実機を用意する

まずは古くなって使われなくパソコンを用意しましょう。あまり古いものだと十分な計算速度がでなくて役に立たないか ...

コンピュータ活用

Zoteroは無料で使える文献管理ソフトです。ブラウザーで見つけた論文をクリック一つでデータベースに入れることができ、それらを引用文献として活用することができます。特に便利なのがWORDへの引用の挿入と、自分の論文データベースを複数の ...

コンピュータ活用

dockerはコンピュータの仮想環境を提供します。ときに複数のアプリケーションソフトが互いに異なる環境を要求するようなことがあります。そういったときに、dockerを使うと別々の環境を与えることができます。

dockerのインス ...

プログラミング

/と/labo/suzuki で二つのWordPressを動かす。

dockerコンテナを用意する

Dockerを使ってWordPressの動くウェブサーバーを立ち上げるに従って、二組のコンテナを立ち上げる。
以後/ ...