生物の情報を扱う bowtie, blast, exonerate Excel

R, バイオインフォマティクス

プロテオミクスのデータ(タブ区切りテキスト)をRで解析しようとしたところ、データの読み込みでつまづきました。その改善の足跡です。

とりあえずread.tableで読み込む> a <- read.table("ALL_ ...

R, バイオインフォマティクス

RNA-Seqで遺伝子発現の解析(mRNAの定量)をしたときに、サンプル間で比較をするために用いられる相対値(Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped reads)を求めること ...

データサイエンス, バイオインフォマティクス

Jupyter Notebook (以下Jupyter)でblastとかbowtieとかバイオインフォマティクスのツールを使えるようにします。

Jupyterのインストール

pip3 install jupyterとかana ...

バイオインフォマティクス, プログラミング, 研究

CRISPR-Cas9で遺伝子の破壊は容易にできるようになりました。シロイヌナズナの遺伝子を破壊する場合、形質転換をして最初に得られた種子(T1)世代では相同染色体のそれぞれに起きた変異が異なる状態(biallelic)になっているこ ...

R, バイオインフォマティクス

遺伝子のエキソン、イントロン構造をRを使って書く方法です。

バイオインフォマティクス

TrinityはRNA-Seqのリードをアセンブルして、cDNAの配列をつくります。

リファレンス

Grabherr MG, Haas BJ, Yassour M, Levin JZ, Thompson DA, Amit I ...