バイオインフォマティクス

ゲノムのアセンブルに対する評価の一つに、必須遺伝子がどのぐらい見つかるかというものがあります。遺伝子が染色体に散在していると仮定して、あるはずの遺伝子が見つかる割合がゲノム全体に対するアセンブルされた長さの割合と一致するだろうという検 ...

プロテオミクスのデータ(タブ区切りテキスト)をRで解析しようとしたところ、データの読み込みでつまづきました。その改善の足跡です。

とりあえずread.tableで読み込む> a <- read.table("ALL_ ...

RNA-Seqで遺伝子発現の解析(mRNAの定量)をしたときに、サンプル間で比較をするために用いられる相対値(Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped reads)を求めること ...

Jupyter Notebook (以下Jupyter)でblastとかbowtieとかバイオインフォマティクスのツールを使えるようにします。

Jupyterのインストール

pip3 install jupyterとかana ...

CRISPR-Cas9で遺伝子の破壊は容易にできるようになりました。シロイヌナズナの遺伝子を破壊する場合、形質転換をして最初に得られた種子(T1)世代では相同染色体のそれぞれに起きた変異が異なる状態(biallelic)になっているこ ...

遺伝子のエキソン、イントロン構造をRを使って書く方法です。

TrinityはRNA-Seqのリードをアセンブルして、cDNAの配列をつくります。

リファレンス

Grabherr MG, Haas BJ, Yassour M, Levin JZ, Thompson DA, Amit I ...