コンピュータ活用

次世代シーケンサーのデータは巨大で、データのコピーをするのも一苦労です。PoTHoSやMitsucalにはfastqファイルへのリンクをつけてありますが、一つずつクリックして保存するのは大変です。Linuxのツールを使って楽をしましょ ...

コンピュータ活用, データサイエンス

中部大学の教員は年度ごとに「研究等業績」を大学に報告します。発表論文をその書式に合わせて出力するのが面倒ということで、ツールの活用を考えます。
researchmapは研究者の情報を集めたサイトで、アカウントがあれば業績を記録 ...

データサイエンス, バイオインフォマティクス

ゲノムのアセンブルに対する評価の一つに、必須遺伝子がどのぐらい見つかるかというものがあります。遺伝子が染色体に散在していると仮定して、あるはずの遺伝子が見つかる割合がゲノム全体に対するアセンブルされた長さの割合と一致するだろうという検 ...

コンピュータ活用, 研究の横道

apacheのUserDirの機能を使うとユーザーが自分のディレクトリをウェブで公開することができます。CentOS7でこの機能を有効にする手順を記します。

apacheの設定1. UserDir disabled をコメントア ...

R, バイオインフォマティクス

プロテオミクスのデータ(タブ区切りテキスト)をRで解析しようとしたところ、データの読み込みでつまづきました。その改善の足跡です。

とりあえずread.tableで読み込む> a <- read.table("ALL_ ...

R, バイオインフォマティクス

RNA-Seqで遺伝子発現の解析(mRNAの定量)をしたときに、サンプル間で比較をするために用いられる相対値(Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped reads)を求めること ...

プログラミング

Javascriptでオセロをつくる 第1回
マス(td)に位置情報を加える

現在作成中のJavascriptオセロでは、盤面をtableで、石を置くマスをtdで表現しています。tdがクリックイベントを捉えて、石を置いたりひっく ...

プログラミング

オセロ盤と石をつくる

まずオセロ盤と石をHTMLとCSSでつくります。オセロ盤はtableで、石は角を丸めたdivでつくってみます。

othello1.htmlのソースothello1.htmlの実行結果8×8に拡張

データサイエンス, バイオインフォマティクス

Jupyter Notebook (以下Jupyter)でblastとかbowtieとかバイオインフォマティクスのツールを使えるようにします。

Jupyterのインストール

pip3 install jupyterとかana ...

PHP, プログラミング

小学校からの連絡が電子メールになり、配布物がPDFファイルになりました。PDFをダウンロードできるのが5日以内で、保存するのを忘れると面倒なことになりそうです。またファイル名が内容と無関係で、探すのが大変そうなので電子メールを自動的に ...