ChatGPTを使ってみた

話題のChatGPTを試してみました。

Q1. シロイヌナズナとはどういうものか教えてください。

ChatGPTの回答

シロイヌナズナ（学名: Arabidopsis thaliana）は、小型の草本植物で、主に研究用として広く利用されているモデル植物の一つです。原産地はヨーロッパやアジア地域で、世界中の多くの地域に帰化しています。シロイヌナズナは、遺伝子解析や分子生物学の研究などに非常に有用であり、その遺伝子や代謝物質、シグナル伝達経路などの解析により、植物の基本的な生理学的プロセスや進化の理解に貢献しています。また、シロイヌナズナは比較的小さいため、実験室内での栽培が容易で、短い生育期間で多くの世代を得ることができることから、遺伝子改変実験などの研究にも適しています。

感想

最後の「短い生育期間で多くの世代を得ることができること」と「遺伝子改変実験などの研究にも適しています」はそれぞれ単独では正解ですが、前者は後者の理由になりません。短い生育期間が有利なのは遺伝学的な研究です。遺伝子改変実験に適しているかどうかは、形質転換方法が確立されているかどうかによります。

Q2. シロイヌナズナのDROL1の役割について教えて

ChatGPTの回答

シロイヌナズナのDROL1は、プラントホルモンであるオーキシンのシグナル伝達に重要な役割を果たすタンパク質です。オーキシンは、植物の成長や発育に関する多くのプロセスに影響を与える重要な役割を持っています。DROL1は、オーキシンのシグナル伝達経路の中で、オーキシンを感知する受容体の一つであるTIR1と相互作用し、TIR1によるオーキシン誘導性のタンパク質分解を調節することで、オーキシンのシグナル伝達を制御します。このように、DROL1は、オーキシンによる植物の成長や発育の調節において非常に重要な役割を果たしています。

感想

DROL1は当研究室で発見されたシロイヌナズナの遺伝子で、末端の塩基配列がAT-ACであるイントロンのスプライシングに必要な因子です。タンパク質であるという部分だけ正しいです。
オーキシンのシグナル伝達としてTIR1を出してくるところは、知ったかぶりの中学生のような感じです。不確かな回答の場合にはChatGPTの自信度をつけてくれるといいかもしれません。または「わかりません」と回答するとか。

DNAの塩基配列を相補鎖に変換するJavascriptを書いて。

ChatGPTの回答

以下は、JavaScriptでDNAの塩基配列を相補鎖に変換する例です。この例では、入力されたDNA配列を反転し、各塩基を相補鎖に変換しています。

function reverseComplement(dna) {
  // DNA配列を反転
  var reverseDna = dna.split("").reverse().join("");

  // 相補鎖に変換
  var complement = {"A":"T", "T":"A", "C":"G", "G":"C"};
  var reverseComplementDna = "";
  for (var i = 0; i < reverseDna.length; i++) {
    var base = reverseDna.charAt(i);
    reverseComplementDna += complement[base];
  }
  return reverseComplementDna;
}
// 使用例
var dnaSequence = "ATCGGCTA";
var reverseComplementSequence = reverseComplement(dnaSequence);
console.log(reverseComplementSequence);
// "TAGCCGAT"

この例では、reverseComplement関数を使用して、与えられたDNA配列を相補鎖に変換しています。reverseComplement関数は、2つのステップでDNA配列を反転させ、各塩基を相補鎖に変換しています。最初に、与えられたDNA配列を反転させるために、split()関数で文字列を分割して配列にし、reverse()関数で逆順にすることで、DNA配列を反転させます。次に、complementオブジェクトを使用して、各塩基を相補鎖に変換します。変換後、結果を文字列として返します。

感想

完璧なコードです。コンピュータにこのレベルのコードを出力されてしまっては、仕事がなくなりそうです。

塩基配列の相補鎖を出力するHTMLとJavascriptを作成せよ。

ChatGPTの回答

以下は、HTMLとJavaScriptを使用して、入力されたDNA配列の相補鎖を計算し、出力する例です。この例では、HTMLの入力欄にDNA配列を入力すると、JavaScriptがそれを反転し、相補鎖に変換して出力します。

<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
	<title>相補鎖の計算</title>
</head>
<body>

<h1>相補鎖の計算</h1>

 DNA配列を入力してください: <input type="text" id="input-sequence">
	<button onclick="calculate()">計算する
	<script>
		function calculate() {
			// 入力されたDNA配列を取得
			var inputSequence = document.getElementById("input-sequence").value.toUpperCase();

			// DNA配列を反転させ、相補鎖に変換する
			var complement = {"A":"T", "T":"A", "C":"G", "G":"C"};
			var reverseComplement = "";
			for (var i = inputSequence.length - 1; i >= 0; i--) {
				var base = inputSequence.charAt(i);
				if (complement[base]) {
					reverseComplement += complement[base];
				} else {
					reverseComplement += "N";
				}
			}

			// 結果を出力する
			document.getElementById("output-sequence").innerHTML = "相補鎖: " + reverseComplement;
		}
	</script>
</body>
</html>

この例では、calculate()関数を使用して、入力されたDNA配列を取得し、その反転後の相補鎖を計算します。HTMLの入力欄にある<input>要素から、DNA配列を取得しています。反転後、各塩基を相補鎖に変換するために、complementオブジェクトを使用しています。変換後、<p>要素内に結果を表示します。

感想

もうバイオインフォマティクスでプログラミングを教える必要はないなと思わせる完璧なコードです。
実用の面では、複数行に分割されたFASTA形式の配列を処理できないのが問題ですが、それは質問に含まれていない(要件定義が悪い)のでしかたないでしょう。
先の関数では入力値に小文字やACGT以外の文字が含まれているときにはおかしな出力になりますが、こちらではそれらはNになるのでより実用的になっています。

2023年4月12日