プログラミング

開発環境

プログラムをつくるためには、エディタと実行環境が必要です。

エディタはプログラムを書くためのソフトウェアです。 プログラム自体はテキストファイルなので、メモ帳でもWORDでもつくるころはできますが、コードを書くための機能をもったエディタを使うほうが便利なことが多いです。

実行環境とは、つくったプログラムを動かすことができるコンピュータとソフトウェアを合わせたものをいいます。 例えば、C言語で書いたプログラムであれば、コンパイラとOSが必要です。 Javascriptであれば、ブラウザーが実行環境になります。 PHPであれば、ウェブサーバーが動作するコンピュータとOSに加えて、ブラウザーが必要になります。

Visual Studio Code (VS Code)

Microsoftが開発するソースコードエディタ(source code editor)です。 Windows、MacOS、Linuxで動作するそうですが、私はWindows上でしか使ったことがありません。

インストールと使い方

Windows Subsystem for Linux (WSL)

Windows上でLinux用のソフトウェアを動作させるシステム(ソフトウェア)です。

プログラムの開発だけでなく、バイオインフォマティクスのツールを実行するときにも使えます。

インストールと使い方

ソフトウェア

PHP

PHPは主にウェブサイトをつくるために使われています。HTML中にコードを書き入れるようなかたちで、簡単に動的なページをつくることができます。また、データベース(RDBMS)との連携にすぐれているなどの特徴があります。コマンドラインで動作するプログラムも書くことができます。

システム開発

ここでは様々なソフトウェアを組み合わせて、一つの目標を達成するものをシステムとします。

Nanoporeでリシークエンス

多数のPCR産物を、PCR-EZでシークエンスして、塩基配列を解読するシステムの開発と解説。